법인이 부가세가 면제된 농산물·축산물·수산물·임산물 등을 원재료로 사용해 부가세가 과세되는 재화나 용역을 공급했다면 의제매입세액을 공제할 수 있습니다. 면세 원재료에 실제 부가세가 붙었다는 뜻은 아닙니다. 법에서 정한 매입가액 한도와 공제율로 계산한 금액을 매입세액으로 보는 제도입니다.
2026년 법인사업자의 공제대상 면세농산물등 매입가액 한도는 관련 과세표준의 50%입니다. 공제율은 법인 음식점 6/106, 중소기업인 제조법인 4/104, 그 밖의 제조법인과 기타 사업 2/102가 기본입니다. 과세유흥장소도 2/102이므로 음식점과 유흥업의 공제율을 바꾸어 적용하면 안 됩니다.
“법령·신고 기준일: 2026년 7월 14일. 2026년 제1기 확정 부가세의 신고·납부기한은 2026년 7월 27일입니다. 법인 50% 한도 특례는 2027년 12월 31일까지이므로 이후 과세기간에는 다시 확인해야 합니다.”*읽기 전 참고사항
핵심 요약
- 법인이라는 이유만으로 공제되는 것이 아니라 면세농산물등을 원재료로 사용해 과세 재화·용역을 공급해야 합니다.
- 공제율은 업종과 중소기업 여부에 따라
6/106,4/104,2/102로 달라집니다. - 2026년 법인의 공제대상 매입가액은 관련 과세표준의 50%를 넘을 수 없습니다.
- 면세 원재료는 일반적으로 세금계산서가 아니라 계산서, 카드전표·현금영수증 또는 매입자발행계산서 관련 명세로 증명합니다.
- 농어민 직접매입 때 신고서만 제출할 수 있는 예외는 제조업자에게 한정되므로 음식점 법인에 그대로 적용하지 않습니다.
- 예정신고나 조기환급에서 먼저 공제한 금액은 제1기 확정신고에서 과세기간 전체 한도로 정산합니다.
어떤 법인이 의제매입세액을 공제할 수 있나요?
부가가치세법 제42조의 기본 요건은 다음과 같습니다.
| 판단 항목 | 확인할 내용 |
|---|---|
| 매입 대상 | 부가세가 면제된 농산물·축산물·수산물·임산물과 법정 범위의 1차 가공품·소금인가 |
| 사용 방식 | 해당 면세농산물등을 원재료로 제조·가공하거나 과세 용역을 창출했는가 |
| 공급 결과 | 완성된 재화나 용역의 공급에 부가세가 과세되는가 |
| 사업자 구분 | 음식점업, 제조업, 그 밖의 사업과 제조법인의 중소기업 여부를 확인했는가 |
| 증빙·신고 | 공제신고서와 법정 증명서류를 부가세 신고에 함께 제출했는가 |
대표적인 대상은 음식점의 면세 식재료, 식품 제조법인의 곡물·채소·생육·수산물 원재료입니다. 냉동·건조·정육·포장처럼 1차 가공을 거쳤더라도 원생산물의 본래 성질이 변하지 않은 법정 범위라면 포함될 수 있습니다. 품명만 보고 판단하지 말고 부가가치세법 시행령 제34조의 미가공식료품 범위와 거래 증빙의 과세·면세 구분을 대조해야 합니다.
다음 항목은 의제매입 대상에서 제외하거나 별도로 판단합니다.
- 부가세가 붙은 가공식품: 실제 매입세액 공제 여부를 따로 검토합니다.
- 포장재, 세제, 주방용품과 소모품: 면세농산물등 원재료가 아닙니다.
- 운임 등 부대비용: 원재료 매입가액과 구분합니다.
- 면세 원재료의 단순 재판매: 과세 재화·용역을 제조·가공하거나 창출한 경우와 다릅니다.
- 면세사업, 자가소비나 과세사업 외 사용분: 실지귀속을 구분하고 이미 공제했다면 조정 여부를 검토합니다.
2026년 법인사업자 공제율은 얼마인가요?
법인의 공제율은 다음과 같습니다. 제조업 법인 = 4/104로 일괄 적용하지 말고 중소기업 여부를 먼저 확인해야 합니다.
| 법인의 사업 구분 | 2026년 공제율 | 적용 판단 |
|---|---|---|
| 과세유흥장소가 아닌 음식점업 | 6/106 | 개인 음식점의 9/109·8/108을 적용하지 않음 |
| 개별소비세법상 과세유흥장소 | 2/102 | 법인·개인 공통 구분 |
| 음식점업 외 제조업 중 조세특례제한법상 중소기업 | 4/104 | 중소기업 요건을 사업연도별로 확인 |
| 위 중소기업에 해당하지 않는 제조업 법인 | 2/102 | 4/104 적용 불가 |
| 음식점업·제조업 외의 사업 | 2/102 | 제42조 요건을 충족한 경우에 한정 |
과자점업·도정업·제분업·떡방앗간의 6/106은 해당 업종을 경영하는 개인사업자에 관한 구분입니다. 법인이 이 업종을 영위한다면 제조업 법인의 중소기업 여부에 따라 4/104 또는 2/102를 검토합니다.
원문의 법인 음식점 2/102, 과세유흥장소 8/108은 서로 맞지 않습니다. 현행 표에서는 과세유흥장소가 아닌 법인 음식점이 6/106, 과세유흥장소가 2/102입니다.
50% 한도는 공제세액에 바로 곱하는 비율인가요?
2026년에는 부가가치세법 시행령 제84조의 한도 특례에 따라 법인의 공제대상 매입가액을 관련 과세표준의 50%까지 인정합니다. 계산은 다음 순서로 합니다.
공제대상 매입가액 한도
= 해당 과세기간 면세농산물등 관련 과세표준 × 50%
공제대상 매입가액
= 적격 면세농산물등 실제 매입가액과 한도 중 작은 금액
의제매입세액
= 공제대상 매입가액 × 업종별 공제율여기서 관련 과세표준은 면세농산물등과 관련해 공급한 과세 재화·용역의 공급가액입니다. 카드·계좌의 순입금액이나 부가세가 포함된 공급대가를 그대로 쓰지 않습니다. 여러 업종이나 과세·면세사업을 함께 운영한다면 실지귀속과 공통 사용분을 먼저 나눠야 합니다.
법인 50% 한도 특례는 현행 시행령상 2027년 12월 31일까지입니다. 특례가 끝난 뒤의 한도율을 2026년 신고에 앞당겨 적용하거나, 2028년 이후에도 50%가 유지된다고 단정하면 안 됩니다.
중소 제조법인 계산 예시
다음은 중소기업인 식품 제조법인이 제1기 과세기간에 면세농산물등과 관련한 과세표준 5억2천만원을 신고하고, 적격 면세 원재료를 3억원 매입한 경우입니다. 모두 과세 제품 생산에 투입됐고 이전에 공제한 금액과 다른 조정은 없다고 가정합니다.
| 계산 단계 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 관련 과세표준 | 과세 제품 공급가액 | 520,000,000원 |
| 공제대상 매입가액 한도 | 520,000,000원 × 50% | 260,000,000원 |
| 실제 적격 매입가액 | 면세 원재료 매입 | 300,000,000원 |
| 공제대상 매입가액 | 둘 중 작은 금액 | 260,000,000원 |
| 의제매입세액 | 260,000,000원 × 4/104 | 10,000,000원 |
실제 적격 매입가액 3억원 전부에 공제율을 곱하지 않습니다. 한도 2억6천만원을 먼저 적용한 뒤 4/104를 곱합니다.
법인 음식점 계산 예시
과세유흥장소가 아닌 법인 음식점의 관련 과세표준이 2억1천2백만원이고 적격 면세 식재료 매입이 1억2천만원이라면 다음과 같습니다.
공제대상 매입가액 한도 = 212,000,000원 × 50% = 106,000,000원
공제대상 매입가액 = min(120,000,000원, 106,000,000원) = 106,000,000원
의제매입세액 = 106,000,000원 × 6/106 = 6,000,000원같은 매출·매입 구조라도 과세유흥장소라면 공제율은 6/106이 아니라 2/102입니다.
어떤 증빙을 제출해야 하나요?
의제매입세액을 공제받으려면 부가세 신고와 함께 의제매입세액 공제신고서를 제출하고, 시행령 제84조 제5항에 따른 다음 증명서류 중 해당 자료를 갖춰야 합니다.
- 매입처별 계산서합계표
- 신용카드매출전표등 수령명세서
- 매입자발행계산서합계표
면세 원재료를 사업자에게서 매입했다면 일반적으로 부가세가 적힌 세금계산서가 아니라 계산서를 받습니다. 카드전표나 현금영수증이 있어도 주문 전체가 자동으로 공제되는 것은 아닙니다. 한 거래에 면세 농산물, 과세 가공식품, 포장재가 섞였다면 품목별 금액을 나눠야 합니다.
법정 제출서류와 별도로 다음 자료를 거래 단위로 연결해 보관합니다.
| 자료 | 확인할 내용 |
|---|---|
| 원재료 매입대장 | 공급자, 품명, 수량, 단가, 매입일, 면세 여부, 금액 |
| 증빙·지급 | 계산서·카드전표·현금영수증 식별번호, 계좌·카드 지급내역 |
| 입고·검수 | 납품서, 거래명세서, 반품·감모·폐기 기록 |
| 생산·사용 | 작업지시, 배치별 투입, 메뉴·제품별 사용량, 재고수불 |
| 과세 매출 | 원재료와 관련한 과세 제품·용역의 공급가액 |
| 공제 계산 | 업종, 중소기업 판정, 한도율, 공제율, 예정신고 기공제액 |
농어민에게 직접 매입한 법인도 증빙 없이 공제되나요?
모든 법인에 적용되는 예외가 아닙니다. 시행령 제84조 제5항은 제조업을 경영하는 사업자가 농어민에게 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에 공제신고서만 제출할 수 있는 예외를 둡니다. 이때도 공급자의 인적사항, 매입일, 품명, 수량과 가액 등 신고서 기재자료와 실제 거래·지급 증빙을 남겨야 합니다.
음식점 법인이 농어민에게 직접 사 왔다고 해서 이 제조업 예외를 적용할 수는 없습니다. 계산서·카드전표 등 법정 증명서류가 없다면 매입자발행계산서 제도를 적법하게 이용할 수 있는 거래인지 별도로 검토해야 합니다. 거래명세서나 계좌이체 내역만으로 공제를 확정하지 않습니다.
2026년 7월 신고에서는 어떤 기간과 금액을 정산하나요?
국세청은 2026년 제1기 확정 부가세 신고·납부기한을 2026년 7월 27일로 안내했습니다. 법인사업자의 신고대상 거래기간은 예정고지 적용 여부에 따라 다를 수 있습니다.
| 법인 구분 | 2026년 7월 확정신고 대상 실적 |
|---|---|
| 예정고지 대상 법인 | 2026년 1월 1일~6월 30일 |
| 예정고지 대상이 아닌 법인 | 2026년 4월 1일~6월 30일 |
의제매입세액 한도는 제1기 과세기간 전체의 관련 과세표준과 적격 매입을 기준으로 계산하고, 예정신고나 월별 조기환급에서 이미 공제한 금액이 있으면 확정신고에서 차감·정산합니다. 신고대상 거래기간 표만 보고 4월~6월 매입과 매출만으로 한도를 다시 만들면 앞서 공제한 금액과 중복될 수 있습니다.
확정신고 전에는 다음 순서로 대조합니다.
- 면세농산물등 품목과 과세·면세 증빙을 분리합니다.
- 원재료의 생산 투입, 과세 제품·용역과 재고를 연결합니다.
- 음식점·제조업·기타 사업과 제조법인의 중소기업 여부를 확정합니다.
- 관련 과세표준에 50%를 곱해 공제대상 매입가액 한도를 계산합니다.
- 실제 적격 매입가액과 한도 중 작은 금액에 공제율을 적용합니다.
- 예정신고·조기환급에서 공제한 금액과 용도 변경 조정액을 반영합니다.
- 공제신고서와 계산서·카드·매입자발행계산서 관련 명세의 합계를 맞춥니다.
제조업자는 면세농산물등 매입의 계절 편차가 큰 경우 시행령 제84조의 1역년 정산 특례를 검토할 수 있습니다. 제1기 매입 비중과 연중 계속 제조업 영위 등 법정 요건을 충족해야 하며, 제2기 확정신고에서 1역년 기준으로 정산하는 제도이므로 7월 신고에서 임의로 연간 예상액을 반영하지 않습니다.
신고 전 최종 점검표
- 면세농산물등과 과세 가공품·소모품·부대비용을 분리했는가
- 면세 원재료가 과세 재화·용역 생산에 사용됐는가
- 법인 음식점, 과세유흥장소, 중소 제조법인, 그 밖의 법인을 구분했는가
- 제조법인의 중소기업 여부를 현행 요건으로 확인했는가
- 2026년 관련 과세표준의 50%를 공제대상 매입가액 한도로 적용했는가
- 음식점
6/106, 중소 제조법인4/104, 그 밖의 법인2/102를 정확히 적용했는가 - 계산서합계표·카드전표등 수령명세서·매입자발행계산서합계표가 신고서와 일치하는가
- 농어민 직접매입 신고서 단독 제출 예외를 제조업 외에 확대하지 않았는가
- 예정신고·조기환급 기공제액과 용도 변경 조정액을 확정신고에서 반영했는가
- 2026년 7월 27일 신고·납부기한과 회사의 납부기한 연장 여부를 구분했는가
공식 참고 자료
- 국가법령정보센터, 부가가치세법 제42조: 면세농산물등의 범위, 과세 사용 요건과 업종별 공제율을 확인했습니다.
- 국가법령정보센터, 부가가치세법 시행령 제34조: 미가공식료품과 1차 가공 범위를 확인했습니다.
- 국가법령정보센터, 부가가치세법 시행령 제84조: 법인 50% 한도, 1역년 정산, 용도 변경 조정과 증빙 요건을 확인했습니다.
- 국가법령정보센터, 부가가치세법 시행규칙 제56조: 수입가액, 겸영 안분과 공제신고서 근거를 확인했습니다.
- 국가법령정보센터, 2026년 의제매입세액 공제신고서: 한도·공제율·기공제액 정산과 작성 항목을 확인했습니다.
- 국세청, 2026년 제1기 부가가치세 확정신고 안내: 2026년 7월 27일 기한과 법인 유형별 신고대상 실적을 확인했습니다.
