원천세 수정신고는 누락액을 발견한 달의 정기신고에 합치는 작업이 아닙니다. 당초 신고서의 귀속연월·지급연월을 그대로 두고, 해당 신고서의 인원·총지급액·징수세액을 올바른 금액으로 고치는 절차입니다. 수정 결과 추가 세액이 생기면 국세와 원천징수 등 납부지연가산세를 납부하고, 개인지방소득세 특별징수분과 지급명세서도 별도로 확인해야 합니다.
반대로 신고서를 아예 내지 않았다면 기한후신고, 세금을 많이 냈다면 수정신고 후 조정환급 또는 환급신청이 중심입니다. 세액이 늘어나는 경우와 줄어드는 경우를 같은 흐름으로 처리하면 이중 납부나 환급 중복이 생길 수 있습니다.
“확인 기준일: 2026년 7월 15일 이 글은 거주자에게 지급한 근로·사업·기타소득 등의 일반적인 원천징수 정정을 다룹니다. 비거주자·외국법인, 법인세법상 소득처분, 조세조약, 폐업·부도 상태의 환급은 별도 규정을 확인해야 합니다.”*읽기 전 참고사항
원천세 오류는 먼저 네 가지로 구분합니다
| 발견한 상태 | 처리 방향 | 세액 후속 조치 |
|---|---|---|
| 당초 신고서가 있고 세액을 적게 신고·납부함 | 해당 귀속·지급월 수정신고 | 추가 국세와 원천징수 등 납부지연가산세 납부 |
| 당초 신고서가 없음 | 기한후신고 | 미납세액이 있으면 원천징수 등 납부지연가산세 검토 |
| 신고서 세액은 과다하지만 실제 납부는 정확함 | 해당 월 수정신고 | 현금 환급 없이 신고서와 장부 차이만 정리 |
| 잘못 원천징수해 세금도 많이 납부함 | 해당 월 수정신고 후 조정환급 또는 환급신청 | 소득자 환급과 회사의 세액 회수를 별도 대사 |
인원이나 총지급액만 틀리고 세액은 정확한 경우에도 신고서는 고쳐야 합니다. 다만 추가로 납부할 원천징수세액이 없다면 원천징수 등 납부지연가산세의 계산 대상도 없습니다. 지급명세서나 간이지급명세서를 이미 제출했다면 소득자별 자료의 수정 제출 여부를 따로 확인해야 합니다.
원천세 수정신고의 법적 구조
소득세법 제127조는 소득을 지급하는 자의 원천징수의무를, 제128조는 원천징수한 소득세의 납부기한을 정합니다. 일반 월별납부자는 원칙적으로 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하고, 승인을 받은 반기별납부자는 반기 종료 후 다음 달 10일까지 납부합니다.
원천징수의무자는 소득세법 시행령 제185조에 따라 원천징수이행상황신고서를 제출합니다. 국세청의 현행 별지 제21호 서식에는 신고구분 수정과 A90 수정신고(세액) 행이 따로 있습니다. 실무에서 말하는 원천세 수정신고는 이 신고서를 정정하고, 정정으로 생긴 세액 차이를 납부 또는 환급 흐름에 연결하는 작업입니다.
중요한 차이가 있습니다. 국세청은 원천징수이행상황신고서에는 별도의 신고불성실가산세가 없고, 원천징수세액을 기한까지 내지 않거나 적게 낸 경우 원천징수 등 납부지연가산세가 다른 세목의 신고불성실가산세 역할을 함께 한다고 안내합니다. 신고서 제출이 늦었다는 이유만으로 일반 과소신고가산세를 먼저 계산하면 안 됩니다.
원천세 수정신고 방법: 여섯 단계
1. 당초 접수·납부 자료를 고정합니다
수정 전에 다음 자료를 한 묶음으로 보관합니다.
- 당초 원천징수이행상황신고서와 접수증
- 소득세·농어촌특별세 납부서와 납부확인서
- 급여대장, 외주비 원장, 지급 결의서와 계좌이체 내역
- 소득자별 원천징수영수증, 지급명세서·간이지급명세서 제출 결과
- 개인지방소득세 특별징수 신고서와 납부확인서
당초 신고액을 덮어쓴 엑셀만 남기면 수정 전후 차액과 가산세 기산일을 검증할 수 없습니다. 당초 신고액, 정당한 세액, 차액을 별도 열로 유지하세요.
2. 귀속연월과 지급연월을 확정합니다
수정신고서의 귀속연월과 지급연월은 당초 수정 대상 신고서와 같아야 합니다. 급여 귀속월과 실제 지급월이 다르거나 지급시기 의제 규정이 적용되면 두 달이 서로 다를 수 있습니다.
누락을 발견한 달에 금액을 합치지 마세요. 다만 실제로 뒤늦게 지급한 것이라면 원래 누락이 아니라 그 실제 지급월의 원천징수일 수 있으므로, 계좌이체일과 지급시기 의제부터 판단해야 합니다.
3. 차액이 아니라 수정 후 전체 금액을 계산합니다
수정 대상 소득구분별로 인원·총지급액·소득세·농어촌특별세를 다시 계산합니다.
추가 납부할 원천징수세액
= 수정 후 정당한 원천징수세액
- 당초 신고·납부한 원천징수세액서면 작성 기준으로는 수정 전 수치와 수정 후 수치를 함께 표시하고, 수정 결과의 세액 차이는 수정신고서를 제출하는 달의 정기신고서 A90 수정신고(세액)에 연결합니다. 전자신고에서는 당초 신고서 불러오기와 계산 결과를 이용하되, 최종 접수증의 귀속·지급월과 추가납부세액이 자체 계산표와 같은지 확인해야 합니다.
4. 홈택스에서 해당 월 수정신고를 제출합니다
홈택스의 세금신고 → 원천세 신고 → 일반 신고에서 수정신고로 들어가 당초 신고서를 선택합니다. 메뉴명은 개편될 수 있으므로 다음 항목을 기준으로 검토하세요.
- 신고구분이
수정인지 - 귀속연월·지급연월이 당초 신고서와 같은지
- 소득구분 코드별 인원·총지급액·징수세액이 수정 후 전체 금액인지
- 가산세와 추가 납부세액이 자체 계산표와 일치하는지
- 수정신고 접수번호와 납부번호가 생성되었는지
당초 신고서가 접수되지 않았다면 수정신고가 아니라 기한후신고 경로를 사용합니다. 신고기한 안에 여러 번 제출한 자료 중 무엇이 최종 접수본인지부터 조회해야 이중 정정을 피할 수 있습니다.
5. 국세·지방소득세·소득자료를 각각 고칩니다
원천세 수정신고 하나로 다음 자료가 모두 자동 정정되지는 않습니다.
| 구분 | 확인할 시스템·서류 | 대사 기준 |
|---|---|---|
| 소득세 원천징수 | 홈택스 원천징수이행상황신고서 | 소득구분별 인원·총지급액·세액 |
| 개인지방소득세 특별징수 | 위택스 또는 관할 지방자치단체 신고 | 수정된 소득세에 대응하는 지방소득세 |
| 지급명세서·간이지급명세서 | 소득자료 제출 내역 | 소득자별 지급액·원천징수세액 |
| 급여·외주 장부 | 급여대장, 원장, 전표 | 총지급액·세금·차인지급액 |
| 실제 현금 | 통장·납부확인서 | 소득자 지급액과 세무관서 납부액 |
국세를 수정했다고 개인지방소득세가 자동으로 수정·환급되는 것으로 보지 마세요. 국세와 지방세는 신고·납부 주체와 환급 절차가 다르므로 각각 접수증을 남겨야 합니다.
6. 수정 전후 대사표를 닫습니다
최종적으로 다음 관계가 맞아야 합니다.
수정 후 총지급액
= 소득자 차인지급액
+ 수정 후 소득세
+ 수정 후 개인지방소득세
+ 그 밖의 공제액추가 세액을 회사가 먼저 납부했는지, 소득자에게 추가 징수했는지는 별도 현금흐름입니다. 신고서 숫자가 맞더라도 소득자별 원천징수영수증과 실제 이체액이 다르면 마감이 끝난 것이 아닙니다.
원천세 수정신고 가산세는 어떻게 계산하나요?
국세기본법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세의 자진 납부 구간은 다음 구조입니다.
자진 납부 구간 가산세
= 미납·과소납부세액 × 3%
+ 미납·과소납부세액 × 0.022% × 경과일수
경과일수
= 법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지
두 금액 합계 한도
= 미납·과소납부세액의 10%납부고지를 받은 뒤 지정납부기한까지도 내지 않으면 지정납부기한 다음 날부터 월 0.67%의 추가 지연분과 독촉장 등기우편 비용이 더해질 수 있고, 전체 한도는 미납·과소납부세액의 50%입니다. 2026년 7월 1일부터 지정납부기한 이후 구간이 일 단위에서 월 단위로 바뀌었습니다. 다만 2026년 6월 30일 이전에 지정납부기한이 경과한 건은 국세기본법 부칙 제4조에 따라 종전 계산 방식을 적용합니다. 납부고지서별·세목별 체납액이 150만 원 미만이면 이 지정납부기한 이후의 월 가산분과 독촉 비용은 적용하지 않습니다.
계산 사례
법정납부기한이 2026년 6월 10일인 원천징수세액 중 100만 원을 빠뜨렸고, 납부고지 전에 2026년 7월 15일 자진 납부한다고 가정합니다. 경과일수는 6월 11일부터 7월 14일까지 34일입니다.
기본분 = 1,000,000원 × 3% = 30,000원
일할분 = 1,000,000원 × 0.022% × 34일 = 7,480원
합계 = 37,480원실제 신고에서는 원천징수 세목, 납부일, 납부고지 여부와 국세청 계산 결과를 다시 확인해야 합니다.
이 사례는 납부고지 전 자진납부이므로 지정납부기한 이후의 월 0.67% 구간을 계산하지 않습니다.
빨리 수정하면 90% 감면되나요?
원천징수의무자에게 적용되는 원천징수 등 납부지연가산세는 수정신고 시기에 따른 90%·75%·50% 등의 과소신고가산세 감면 대상이 아닙니다. 국세청도 연말정산 오류를 근로자가 직접 수정신고할 때의 일반 과소신고가산세 감면과, 원천징수의무자의 납부지연가산세를 구분합니다.
다만 자진 납부 전까지 0.022% 일할분이 늘어나므로 오류를 빨리 바로잡을 실익은 있습니다. 감면율이 아니라 미납세액과 경과일수를 기준으로 계산하세요.
세금을 많이 냈다면 수정신고와 환급을 어떻게 연결하나요?
신고서의 세액만 크게 적고 실제 납부는 정확했다면 신고서 정정으로 끝날 수 있습니다. 실제 세금까지 많이 냈다면 다음 두 현금흐름을 나눠야 합니다.
- 원천징수의무자가 소득자에게 과다 원천징수액을 돌려주는 흐름
- 원천징수의무자가 세무관서에 과다 납부한 세액을 회수하는 흐름
소득세법 시행규칙 제93조는 잘못 원천징수해 납부한 소득세에도 연말정산 환급 절차를 준용합니다. 원천징수의무자는 이후 납부할 원천징수세액에서 조정환급하거나, 원천징수세액환급신청서를 제출해 직접 환급을 신청할 수 있습니다.
직접 환급신청을 선택하면 현행 별지 제21호 서식에 따라 원천징수세액환급신청서 부표, 기납부세액명세서, 전월미환급세액 조정명세서, 환급 대상 지급명세서 등을 준비합니다. 같은 금액을 차월이월과 직접 환급신청에 동시에 남기면 안 됩니다.
경정청구라는 표현만 보고 원천징수의무자의 과다납부를 일반 세목과 똑같이 처리하지 마세요. 회사가 잘못 원천징수한 세액의 회수는 수정 원천징수이행상황신고서와 조정환급·환급신청이 중심입니다. 소득자가 이미 종합소득세 확정신고를 했거나 법에서 정한 연말정산 경정청구 요건에 해당하는 경우의 경정청구는 별도 절차입니다.
자주 묻는 질문
원천세 신고서만 늦게 냈고 세금은 기한 내 정확히 냈습니다. 가산세가 있나요?
국세청 안내상 원천징수이행상황신고서를 제출하지 않았지만 세액을 정확히 납부한 경우 원천징수 등 납부지연가산세는 없습니다. 다만 신고서 미제출 상태는 납부액의 귀속 확인, 환급, 지급명세서 대사에 문제를 만들 수 있으므로 기한후신고로 정리해야 합니다.
인원과 총지급액만 틀리고 세액은 같습니다. 수정신고가 필요한가요?
필요합니다. 원천징수이행상황신고서와 지급명세서의 연간 합계가 다르면 소명 대상이 될 수 있습니다. 추가 세액이 없다면 납부지연가산세는 없지만, 이미 낸 소득자별 자료의 수정 여부는 별도로 확인합니다.
빠뜨린 지급액을 이번 달 원천세 신고에 더하면 되나요?
안 됩니다. 당초 지급월의 신고 오류라면 그 귀속·지급월 신고서를 수정해야 합니다. 실제 지급이 이번 달에 이뤄진 것이라면 이번 달 신고 대상일 수 있으므로, 회계상 귀속월이 아니라 실제 지급일과 지급시기 의제를 먼저 확인합니다.
원천세 수정신고를 하면 지방소득세와 지급명세서도 자동으로 바뀌나요?
자동 정정을 전제로 하면 안 됩니다. 개인지방소득세 특별징수 신고와 소득자별 지급명세서·간이지급명세서를 각각 조회해 수정 접수증을 남겨야 합니다.
세금을 많이 냈으면 다음 달 세금에서 임의로 빼도 되나요?
안 됩니다. 먼저 당초 신고서를 올바르게 수정하고, 조정대상 환급세액과 당월조정액·차월이월액·직접 환급신청액을 별지 제21호 서식의 구조에 맞춰 연결해야 합니다.
수정신고 완료 체크리스트
- 당초 신고서 접수번호와 납부확인서를 보존했습니다.
- 수정 대상 귀속연월·지급연월을 당초 신고서와 일치시켰습니다.
- 소득구분별 수정 후 전체 금액과 당초 금액의 차이를 계산했습니다.
- 추가 세액과 원천징수 등 납부지연가산세를 납부했습니다.
- 개인지방소득세 특별징수분을 별도로 수정·납부 또는 환급 처리했습니다.
- 지급명세서·간이지급명세서의 소득자별 자료를 대사했습니다.
- 과다납부액을 차월이월과 직접 환급신청에 중복 반영하지 않았습니다.
- 수정신고 접수증, 납부확인서, 지방세 접수증과 수정 전후 대사표를 한 묶음으로 보관했습니다.
공식 참고 자료
- 국가법령정보센터: 소득세법 제127조
- 국가법령정보센터: 소득세법 제128조
- 국가법령정보센터: 소득세법 시행령 제185조
- 국가법령정보센터: 소득세법 시행규칙 제93조
- 국가법령정보센터: 국세기본법 제47조의5
- 국가법령정보센터: 국세기본법 법률 제21212호 부칙 제4조)
- 국가법령정보센터: 국세기본법 시행령 제27조의4
- 국세청: 원천세 신고납부기한
- 국세청: 원천징수 관련 가산세
- 국세청: 2026년 7월 1일 납부지연가산세 개정 안내
- 국세청: 소득세법 별지 제21호 원천징수이행상황신고서·원천징수세액환급신청서
- 국세청: 원천징수이행상황신고서 작성요령
- 국가법령정보센터: 지방세법 제103조의13
- 국가법령정보센터: 지방세법 시행규칙 제48조
