2026년에 종합소득세를 신고하는 성실신고확인대상사업자는 2025년 귀속 수입금액으로 대상 여부를 판정하고, 성실신고확인서를 첨부해 2026년 6월 30일까지 신고·납부합니다. 업종별 해당 과세기간 수입금액 기준은 15억 원, 7억 5천만 원, 5억 원입니다.
의료비 세액공제는 대상자가 되었다는 사실만으로 받을 수 없습니다. 성실신고확인서를 제출하고 법정 의료비를 실제로 부담해야 합니다. 공제 계산에서는 근로자의 총급여액 대신 사업소득금액의 3%를 문턱으로 사용하며, 일반 의료비 15%, 미숙아·선천성이상아 의료비 20%, 난임시술비 30%를 구분해 적용합니다.
“확인 기준일: 2026년 7월 15일 현행 조세특례제한법은 이 특례를 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 지출한 의료비에 적용합니다. 따라서 2025년 지출분은 2026년 신고에서, 2026년 지출분은 2027년 신고에서 검토합니다.”*읽기 전 참고사항
성실신고확인대상자는 어떤 사업자인가요?
성실신고확인대상사업자는 해당 과세기간의 수입금액 합계가 소득세법 시행령의 업종별 기준 이상인 개인사업자입니다. 수입금액은 이익인 사업소득금액과 다르고, 부가가치세 신고서의 매출액만으로 판정할 수도 없습니다.
| 업종 구분 | 대표 업종 | 해당 과세기간 수입금액 기준 |
|---|---|---|
| 1군 | 농업·임업·어업, 광업, 도매·소매업, 부동산매매업, 2·3군 외 사업 | 15억 원 이상 |
| 2군 | 제조업, 숙박·음식점업, 건설업의 법정 범위, 운수·창고업, 정보통신업, 금융·보험업, 상품중개업 등 | 7억 5천만 원 이상 |
| 3군 | 부동산임대업과 그 밖의 부동산업, 전문·과학·기술 서비스업, 사업지원·임대서비스업, 교육·보건·사회복지 서비스업, 예술·스포츠·여가 서비스업 등 | 5억 원 이상 |
변호사·세무사·회계사·변리사·건축사 등 시행령 별표의 전문 사업서비스업은 다른 분류에 걸쳐 있더라도 5억 원 기준을 확인해야 합니다. 업종은 원칙적으로 한국표준산업분류를 따르지만, 시행령이 별도로 정한 업종은 그 규정이 우선합니다.
판정할 때 특히 놓치기 쉬운 항목은 다음과 같습니다.
- 기준연도는 직전연도가 아니라 성실신고확인을 받아야 하는 해당 과세기간입니다.
- 둘 이상의 사업장 수입금액은 사업자 단위로 합산합니다.
- 서로 기준금액이 다른 업종을 함께 영위하면 주업종 기준으로 환산해 판정합니다. 한 사업장씩 기준금액 아래라고 해서 바로 제외할 수 없습니다.
- 소득세법상 수입금액에는 일반 매출 외에 간주임대료·판매장려금 등 포함 항목이 있을 수 있습니다. 반면 법에서 정한 사업용 유형자산 양도 수입금액은 성실신고확인 대상 판정 수입금액에서 제외합니다.
2026년 신고기한은 언제인가요?
소득세법 제70조의2에 따라 성실신고확인서를 제출하는 사업자의 종합소득세 확정신고 기간은 다음 해 5월 1일부터 6월 30일까지입니다.
| 신고 대상 과세기간 | 대상 판정에 쓰는 수입금액 | 확정신고·성실신고확인서 제출기한 |
|---|---|---|
| 2025년 귀속 | 2025년 해당 과세기간 수입금액 | 2026년 6월 30일 |
| 2026년 귀속 | 2026년 해당 과세기간 수입금액 | 2027년 6월 30일 |
6월 30일은 단순히 의료비 공제를 신청하는 날이 아니라 성실신고확인서와 종합소득세 신고를 완료해야 하는 법정기한입니다. 국세청 안내문을 받지 못했다는 사정만으로 법정 대상에서 제외되는 것은 아니므로, 결산 전에 업종과 수입금액을 먼저 대사해야 합니다.
성실신고확인대상자가 의료비 세액공제를 받는 요건
조세특례제한법 제122조의3에 따른 핵심 요건은 다음 세 가지입니다.
- 소득세법상 성실신고확인대상사업자일 것
- 해당 과세기간의 성실신고확인서를 제출할 것
- 본인 또는 법정 기본공제대상자를 위해 공제 대상 의료비를 실제로 부담할 것
여기서 성실신고확인대상사업자와 소득세법 제59조의4의 성실사업자는 같은 용어가 아닙니다. 이 글에서 다루는 대상자는 별도의 수입 증가율·계속사업기간 요건을 추가로 충족해서 공제받는 구조가 아니라, 성실신고확인대상자로서 확인서를 제출하는 경로를 적용합니다.
의료비 공제에서는 기본공제대상자의 나이와 소득 제한을 적용하지 않습니다. 다만 배우자·직계존비속 등 법정 관계, 생계 요건, 실제 지출자, 가족 간 중복공제 여부는 별도로 확인해야 합니다. 간소화 자료에 조회되었다는 이유만으로 실제 부담 요건까지 확정되는 것은 아닙니다.
공제 대상 의료비와 제외 금액
공제 대상은 소득세법 시행령이 정한 의료비입니다.
- 의료기관의 진찰·치료·질병예방 비용
- 치료·요양을 위한 의약품과 한약 구입비
- 법정 장애인 보장구와 처방에 따른 의료기기 구입·임차비
- 시력보정용 안경·콘택트렌즈 구입비 중 1명당 연 50만 원 이내 금액
- 보청기 구입비
- 장기요양급여와 장애인활동지원급여의 법정 본인부담금
- 산후조리원 비용 중 출산 1회당 200만 원 이내 금액
미용·성형수술비, 건강증진 목적 의약품 구입비, 간병인 비용, 국외 의료기관 지출액 등은 법정 의료비 범위와 구분해야 합니다. 실손의료보험금과 본인부담상한제 사후환급금처럼 의료비를 보전받은 금액도 실제 부담액에서 빼야 합니다.
사업소득금액 3%와 공제율은 어떻게 계산하나요?
성실신고확인대상자의 의료비 공제는 근로소득자 계산 구조를 준용하되, 총급여액을 사업소득금액으로 바꿔 계산합니다.
3% 문턱 = 해당 과세기간 사업소득금액 × 3%
순의료비 = 법정 의료비 - 실손보험금 등 보전액
의료비 세액공제액 = 3% 문턱을 넘는 구분별 공제대상금액 × 해당 공제율| 의료비 구분 | 공제대상금액 한도 | 공제율 |
|---|---|---|
| 일반 기본공제대상자 의료비 | 연 700만 원 | 15% |
| 본인·과세기간 개시일 현재 6세 이하·과세기간 종료일 현재 65세 이상·장애인·법정 중증질환자 등 의료비 | 한도 없음 | 15% |
| 미숙아·선천성이상아 의료비 | 한도 없음 | 20% |
| 난임시술비 | 한도 없음 | 30% |
일반 의료비의 연 700만 원은 공제세액 한도가 아니라 15%를 곱하기 전 공제대상금액 한도입니다. 공제율이 다른 의료비가 함께 있으면 전체 합계에 하나의 비율을 곱하지 않고, 소득세법이 정한 순서대로 3% 미달액을 반영해야 합니다.
또한 의료비 세액공제는 해당 과세연도의 사업소득에 대한 소득세에서 공제합니다. 의료비·교육비·월세 공제액 합계가 그 소득세를 초과하면 초과분은 없는 것으로 보므로, 공제액 전부가 현금 환급되거나 다음 해로 자동 이월되는 구조가 아닙니다.
계산 사례 1: 일반 의료비만 있는 경우
- 사업소득금액: 8,000만 원
- 의료비 지출액: 500만 원
- 실손보험금: 100만 원
- 의료비 전부가 일반 의료비라고 가정
3% 문턱 = 8,000만 원 × 3% = 240만 원
순의료비 = 500만 원 - 100만 원 = 400만 원
공제대상금액 = 400만 원 - 240만 원 = 160만 원
세액공제액 = 160만 원 × 15% = 24만 원원문의 소득금액 3%라는 표현은 분모가 불명확합니다. 이 특례에서는 해당 과세기간 사업소득금액을 기준으로 계산해야 합니다.
계산 사례 2: 일반 의료비와 난임시술비가 함께 있는 경우
- 사업소득금액: 6,000만 원
- 일반 의료비: 100만 원
- 난임시술비: 300만 원
- 보전받은 금액 없음
3% 문턱 = 6,000만 원 × 3% = 180만 원
일반 의료비의 문턱 미달액 = 180만 원 - 100만 원 = 80만 원
난임시술비 공제대상금액 = 300만 원 - 80만 원 = 220만 원
세액공제액 = 220만 원 × 30% = 66만 원난임시술비가 있다는 이유로 300만 원 전부에 바로 30%를 적용하면 안 됩니다. 앞선 의료비가 3% 문턱에 미달한 금액을 먼저 빼야 합니다.
성실신고확인서 미제출 가산세는 얼마인가요?
성실신고확인대상사업자가 다음 해 6월 30일까지 확인서를 제출하지 않으면 다음 두 금액 중 큰 금액을 가산세로 부담합니다.
① 종합소득산출세액 × (사업소득금액 ÷ 종합소득금액) × 5%
② 해당 과세기간 사업소득 총수입금액 × 0.02%
미제출 가산세 = ①과 ② 중 큰 금액종합소득산출세액이 없더라도 수입금액 기준 금액이 산출되면 가산세가 적용될 수 있습니다. 확인서를 제출하지 않으면 의료비 세액공제의 확인서 제출 요건도 충족하지 못하므로, 미제출 가산세와 공제 배제를 따로 봐야 합니다.
수정신고하면 의료비 세액공제가 추징될 수 있나요?
그럴 수 있습니다. 성실신고확인대상사업자가 의료비 세액공제를 받은 뒤 사업소득금액을 과소 신고한 사실이 경정되거나 수정신고로 바로잡혀, 과소 신고한 사업소득금액이 경정된 사업소득금액의 10% 이상이면 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징합니다.
추징 판정 비율 = 과소 신고한 사업소득금액 ÷ 경정된 사업소득금액
추징 기준 = 10% 이상이 기준으로 세액이 추징되면 추징일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 3개 과세기간 동안 조세특례제한법 제122조의3의 의료비·교육비·월세 공제를 적용하지 않습니다. 이 글의 대상인 성실신고확인대상사업자에게는 10% 기준을 사용하며, 같은 조문에 별도로 규정된 성실사업자의 20% 기준과 혼동하면 안 됩니다.
수정신고 자체가 언제나 공제를 취소한다는 뜻은 아닙니다. 기준은 수정 후 사업소득금액 대비 과소 신고 사업소득금액의 비율입니다. 다만 공제 추징과 별도로 과소신고가산세·납부지연가산세가 문제 될 수 있으므로, 오류가 확인되면 사업소득금액과 공제액을 함께 재계산해야 합니다.
신고 전에 확인할 실무 체크리스트
- 사업장별 업종코드와 실제 영위 업종이 일치하는지 확인합니다.
- 모든 사업장의 해당 과세기간 수입금액을 합산하고, 겸영 업종은 환산 판정합니다.
- 성실신고확인서 제출 대상 여부와 다음 해 6월 30일 기한을 일정에 반영합니다.
- 의료비를 일반·본인 등 법정 대상·미숙아 및 선천성이상아·난임시술비로 구분합니다.
- 실손보험금과 사후환급금 등 보전액을 의료비에서 차감합니다.
- 의료비지급명세서와 간소화 자료·영수증을 대조하고 가족 간 중복공제를 확인합니다.
- 사업소득금액의 3% 문턱, 일반 의료비 700만 원 한도, 15%·20%·30% 공제율을 순서대로 적용합니다.
- 의료비 공제에 따른 농어촌특별세와 최저한세 적용도 신고서에서 별도로 검토합니다.
자주 묻는 질문
매출이 업종별 기준을 넘으면 무조건 의료비 세액공제를 받나요?
아닙니다. 수입금액 기준을 넘으면 성실신고확인 대상이 될 수 있지만, 의료비 공제에는 성실신고확인서 제출, 법정 의료비, 실제 부담, 3% 문턱 등 별도 요건이 있습니다.
2026년에 낸 의료비도 공제 대상인가요?
2026년 7월 15일 현재 조세특례제한법은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 지출한 의료비를 특례 대상으로 규정합니다. 2026년 지출분은 2026년 귀속 소득과 함께 2027년 신고에서 반영합니다.
일반 의료비 700만 원을 쓰면 700만 원을 세금에서 빼주나요?
아닙니다. 700만 원은 일반 의료비의 공제대상금액 한도입니다. 먼저 사업소득금액의 3% 문턱을 적용하고, 한도 안의 공제대상금액에 15%를 곱해 세액공제액을 계산합니다.
확인서를 늦게 제출하면 의료비 공제만 못 받나요?
의료비 공제의 제출 요건을 충족하지 못할 뿐 아니라, 소득세법 제81조의2의 미제출 가산세도 별도로 적용될 수 있습니다. 법정기한 뒤 제출의 구체적 효과는 신고 상태와 제출 시점에 따라 확인해야 합니다.
2026년에는 귀속연도와 3% 분모를 먼저 구분하세요
2026년 6월 신고는 2025년 귀속 소득과 의료비를 다루고, 2026년에 지출한 의료비는 2027년 신고 대상입니다. 대상 여부는 해당 과세기간 수입금액으로 판정하지만, 의료비 공제의 3% 문턱은 수입금액이 아니라 사업소득금액으로 계산합니다.
대상 판정, 확인서 제출, 의료비 구분, 3% 계산을 한 표에 섞지 말고 순서대로 대사하세요. 특히 수정신고로 사업소득금액이 늘어나는 경우에는 10% 추징 기준과 이후 3개 과세기간 공제 배제까지 함께 확인해야 합니다.
