법인세 신고에서 이월결손금은 소득구분계산서와 세액조정계산서 중 하나에만 적는 항목이 아닙니다. 먼저 자본금과 적립금조정명세서(갑)의 결손금 계산서에서 발생 사업연도별 잔액과 당기공제액을 계산하고, 그 합계를 법인세 과세표준 및 세액조정계산서의 이월결손금란에 반영합니다. 감면·면제 등으로 구분손익 계산이 필요한 법인은 소득구분계산서의 이월결손금 행에도 사업 구분별 금액을 적어야 합니다.
세 서식의 숫자는 서로 연결되지만 역할은 다릅니다. 발생연도별 잔액 관리, 사업별 배분, 법인 전체 과세표준 계산을 한 서식에서 끝내려 하면 공제기한·공제한도·감면소득 계산을 혼동하기 쉽습니다.
“기준일: 2026년 7월 14일 아래 내용은 일반 내국법인의 현행 법인세법과 2026년 7월 1일 시행 법인세법 시행규칙 서식을 기준으로 정리했습니다. 합병·분할·사업양수, 연결납세, 동업기업 결손금, 회생기업 등은 승계 범위나 한도가 달라질 수 있으므로 해당 특례를 별도로 검토해야 합니다.”*읽기 전 참고사항
이월결손금은 세 서식에서 각각 어떤 역할을 하나요?
| 서식 | 확인할 위치 | 역할 | 실무 대사 항목 |
|---|---|---|---|
| 자본금과 적립금조정명세서(갑), 별지 제50호 | Ⅱ. 결손금 계산서의 사업연도별 발생액·기공제액·당기공제액·보전·잔액 | 공제 가능한 결손금을 발생연도별로 관리하고 당기공제액을 계산 | 당기공제액 합계, 공제기한 내 잔액, 기한 경과액 |
| 소득구분계산서, 별지 제48호 | (9) 이월결손금 | 감면·면제 등 구분손익이 필요한 경우 당기 공제액을 사업 구분별로 배분 | 이월결손금 합계와 사업별 배분액 |
| 법인세 과세표준 및 세액조정계산서, 별지 제3호 | ② 과세표준 계산 영역의 이월결손금(코드 07) | 법인 전체 각 사업연도 소득금액에서 당기 이월결손금 공제액을 차감 | 별지 제50호서식(갑)의 당기공제액 합계 |
법인세법 시행규칙 제82조는 별지 제3호서식을 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로, 별지 제48호서식을 소득구분계산서로 정합니다. 현행 별지 제3호서식의 작성방법은 이월결손금란에 별지 제50호서식(갑)의 당기공제액 합계를 적도록 안내합니다.
소득구분계산서에도 이월결손금을 적나요?
네. 현행 별지 제48호서식에는 (8) 각 사업연도 소득 또는 설정 전 소득, (9) 이월결손금, (10) 비과세소득, (11) 소득공제액, (12) 과세표준이 차례로 있습니다. 따라서 소득구분계산서에 이월결손금 항목이 없다는 설명은 현행 서식과 맞지 않습니다.
다만 모든 법인이 소득구분계산서를 작성하는 것은 아닙니다. 별지 제48호서식의 작성방법은 다음과 같이 구분손익 계산이 필요한 법인을 작성 대상으로 제시합니다.
- 소득공제, 세액공제 또는 세액감면을 적용하면서 사업별 소득 구분이 필요한 법인
- 감면율이 다른 사업을 함께 운영해 소득을 나눠야 하는 법인
- 피합병법인의 이월결손금 공제 등으로 승계사업과 그 밖의 사업을 구분해야 하는 법인
구분손익 계산이 필요하지 않은 법인은 이월결손금을 공제한다는 이유만으로 별지 제48호서식을 만드는 것이 아니라, 별지 제50호서식(갑)과 별지 제3호서식의 연결을 먼저 확인합니다.
발생연도별 공제기한과 당기 공제한도는 어떻게 판단하나요?
법인세법 제13조에 따라 공제 대상이 되려면 결손금이 법정 기간 안에 발생했고, 신고·결정·경정 또는 수정신고한 과세표준에 포함되어 있어야 합니다. 현행 별지 제50호서식(갑)의 작성방법은 발생 사업연도에 따라 다음과 같이 공제기한을 구분합니다.
| 결손금 발생 사업연도 | 공제기한 | 확인할 기록 |
|---|---|---|
| 2019년 12월 31일 이전에 개시한 사업연도 | 10년 | 발생액, 기공제액, 당기공제액, 보전액, 기한 경과액 |
| 2020년 1월 1일 이후 개시한 사업연도 | 15년 | 발생액, 기공제액, 당기공제액, 보전액, 기한 경과액 |
공제기한 안에 있다는 사실만으로 잔액 전부를 당기에 공제할 수 있는 것은 아닙니다. 법인세법 제13조는 조세특례제한법 제6조 제1항에 따른 중소기업과 [법인세법 시행령 제10조](https://www.law.go.kr/법령/법인세법시행령/제10조) 제1항의 일정한 법인을 제외한 일반 내국법인의 당기 공제한도를 각 사업연도 소득금액의 80%로 정하고, 그 밖의 해당 법인에는 100% 한도를 적용합니다.
당기 공제한도 = 각 사업연도 소득금액 × 적용률
적용률
- 중소기업 및 시행령 제10조 제1항 대상이 아닌 일반 내국법인: 80%
- 세법상 중소기업 및 법령상 100% 한도 대상 법인: 100%
당기 이월결손금 공제액
= 공제기한 내 미공제 잔액과 당기 공제한도 중 작은 금액여기서 중소기업은 회사가 일상적으로 사용하는 규모 구분이 아니라 법인세법 제13조가 인용하는 조세특례제한법상 요건을 충족하는지를 기준으로 판단해야 합니다.
여러 발생연도의 결손금은 어떤 순서로 공제하나요?
법인세법 시행령 제10조 제2항은 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 차례로 공제하도록 규정합니다. 따라서 잔액 합계만 관리하지 말고 발생 사업연도별 원장을 유지해야 합니다.
예를 들어 중소기업 및 별도 100% 한도 대상이 아닌 일반 법인의 각 사업연도 소득금액이 10억원이고, 공제기한 안의 이월결손금이 다음과 같다고 가정해 보겠습니다.
| 발생 사업연도 | 공제 전 잔액 | 당기 공제액 | 공제 후 잔액 |
|---|---|---|---|
| 2022년 | 5억원 | 5억원 | 0원 |
| 2023년 | 5억원 | 3억원 | 2억원 |
| 합계 | 10억원 | 8억원 | 2억원 |
일반 법인의 당기 공제한도 = 10억원 × 80% = 8억원
2022년 결손금 공제 = 5억원
2023년 결손금 공제 = 8억원 - 5억원 = 3억원
이월결손금 공제 후 금액 = 10억원 - 8억원 = 2억원같은 조건에서 세법상 중소기업이라면 100% 한도 안에서 최대 10억원을 공제할 수 있습니다. 다만 실제 공제액은 신고된 결손금인지, 공제기한이 남았는지, 이미 공제·보전된 금액이 없는지를 발생연도별로 확인한 뒤 결정해야 합니다.
감면사업과 과세사업에는 어떤 기준으로 배분하나요?
감면사업 소득에서 항상 먼저 공제하는 방식은 현행 기준을 지나치게 단순화한 설명입니다. 법인세법 시행령 제96조는 감면 또는 면제세액을 계산할 때 공제액의 발생 귀속을 다음과 같이 구분합니다.
| 공제액의 발생 귀속 | 감면·면제소득 계산 시 처리 |
|---|---|
| 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 사실이 확인됨 | 해당 사업에서 공제액 전액을 차감 |
| 어느 사업에서 발생했는지 불분명함 | 소득금액에 비례해 안분한 금액을 차감 |
따라서 과거 결손금이 어느 사업에서 발생했는지 확인할 수 있다면 그 발생 귀속을 따라야 합니다. 귀속이 불분명한 경우에만 소득금액 비율을 사용합니다. 당기 감면소득이 크다는 이유만으로 결손금 전액을 감면사업에 먼저 배분해서는 안 됩니다.
예를 들어 감면사업 소득 6억원, 그 밖의 사업 소득 4억원이고 당기 이월결손금 공제액이 3억원이라고 가정하겠습니다.
- 3억원이 감면사업에서 발생한 결손금임을 확인했다면 감면사업에서 3억원을 차감합니다.
- 발생 귀속이 불분명해 소득금액 비율로 안분해야 한다면 감면사업 1억8천만원, 그 밖의 사업 1억2천만원으로 나눕니다.
감면사업 배분액 = 3억원 × 6억원 ÷ 10억원 = 1억8천만원
그 밖의 사업 배분액 = 3억원 × 4억원 ÷ 10억원 = 1억2천만원
배분액 합계 = 3억원이 계산은 당기 총공제액을 새로 늘리는 절차가 아닙니다. 별지 제50호서식(갑)에서 확정한 당기공제액을 별지 제48호서식의 사업 구분에 맞게 나누는 절차입니다.
실제 작성 순서는 어떻게 잡아야 하나요?
1. 각 사업연도 소득금액을 먼저 확정합니다
결산서상 당기순손익에 익금산입·손금산입 등 세무조정을 반영해 이월결손금 공제 전 각 사업연도 소득금액을 계산합니다. 공제한도는 이 금액을 기준으로 판단합니다.
2. 별지 제50호서식(갑)에서 발생연도별 잔액을 갱신합니다
발생액에서 소급공제, 기공제액, 당기공제액, 보전액을 구분하고 공제기한 내 잔액과 기한 경과액을 나눕니다. 당기공제액은 오래된 발생연도부터 공제한도 안에서 배분합니다.
3. 구분손익 대상이면 별지 제48호서식을 작성합니다
매출·원가·판매비와관리비·영업외손익을 감면사업과 그 밖의 사업으로 구분한 뒤, 이월결손금은 발생 귀속 또는 법정 안분기준에 따라 나눕니다. (9) 이월결손금의 합계는 당기 총공제액과 맞아야 합니다.
4. 별지 제3호서식의 코드 07에 총공제액을 옮깁니다
별지 제3호서식의 과세표준 계산은 다음 흐름입니다.
과세표준
= 각 사업연도 소득금액
- 이월결손금
- 비과세소득
- 소득공제별지 제3호서식의 이월결손금 금액은 별지 제50호서식(갑)의 당기공제액 합계와 일치해야 합니다. 별지 제48호서식을 작성한 법인은 그 서식의 이월결손금 합계도 함께 대사합니다.
신고 전에 어떤 숫자를 대사해야 하나요?
| 점검 항목 | 확인 방법 |
|---|---|
| 발생연도별 공제 순서 | 가장 오래된 공제 가능 결손금부터 당기공제액이 배분됐는지 확인 |
| 공제기한 | 10년·15년 구분과 기한 경과액을 별지 제50호서식(갑)에서 확인 |
| 공제한도 | 일반 내국법인 80% 원칙과 세법상 중소기업 등 100% 예외 적용 여부 확인 |
| 총공제액 | 별지 제50호서식(갑) 당기공제액 합계와 별지 제3호서식 코드 07 일치 확인 |
| 사업별 배분 | 별지 제48호서식 작성 대상이면 (9) 이월결손금 합계와 사업별 배분 근거 확인 |
| 다음 사업연도 잔액 | 공제 후 잔액과 기한 내·기한 경과 구분이 다음 연도 기초자료와 연결되는지 확인 |
자주 묻는 질문
이월결손금이 당기 소득보다 크면 과세표준은 항상 0원이 되나요?
아닙니다. 일반 법인은 원칙적으로 각 사업연도 소득금액의 80%가 공제한도이므로, 다른 비과세소득이나 소득공제가 없다면 소득금액의 20%가 남을 수 있습니다. 세법상 중소기업 등 100% 한도 대상은 공제 가능한 잔액이 충분하면 과세표준을 0원까지 낮출 수 있습니다.
소득구분계산서는 이월결손금이 있는 모든 법인이 작성하나요?
아닙니다. 소득공제·세액공제·감면 또는 승계사업 등으로 구분손익 계산이 필요한 경우에 작성합니다. 작성 대상이 아니라면 별지 제50호서식(갑)의 발생연도별 계산과 별지 제3호서식의 총액 반영을 중심으로 확인합니다.
과거 신고에서 누락한 결손금도 바로 공제할 수 있나요?
법인세법 제13조는 신고, 결정·경정 또는 국세기본법 제45조에 따른 수정신고 과세표준에 포함된 결손금을 요건으로 둡니다. 과거 결손금이 신고 과세표준에 포함되지 않았다면 당기 서식에 잔액만 추가하지 말고, 해당 사업연도의 신고·결정 상태와 정정 절차를 먼저 확인해야 합니다.
마무리
이월결손금 신고의 핵심은 발생연도별 잔액 → 당기 총공제액 → 필요한 경우 사업별 배분 → 법인 전체 과세표준의 순서를 지키는 것입니다. 소득구분계산서와 세액조정계산서는 서로 대체하는 서식이 아니라 같은 당기 공제액을 서로 다른 목적에서 보여주는 서식입니다.
신고 전에는 별지 제50호서식(갑)의 당기공제액 합계, 별지 제48호서식의 사업별 배분 합계, 별지 제3호서식의 코드 07을 나란히 놓고 대사해 보세요. 합계뿐 아니라 발생연도, 공제기한, 공제율, 사업 귀속까지 함께 확인해야 다음 사업연도의 잔액도 정확하게 이어집니다.
